Комиссии точно не будет, если вы резидент и отправляете платеж в бюджет — например, единый налоговый платеж. Комиссии за платеж юрлицу или перевод физлицу не будет, если у вас остался бесплатный лимит в рамках тарифа.

Бесплатные лимиты платежей в другой банк
 
В разные тарифы входит разное количество платежей без комиссии. Когда вы исчерпаете ежемесячный лимит, следующие платежи можно будет отправить только с комиссией. Лимит обновляем 1 числа месяца в 00:01 по Москве.
 
Есть вам нужен безлимит бесплатных платежей, присмотритесь к тарифу  В некоторых архивных тарифах, наоборот, пакета бесплатных платежей нет. Детали именно вашего тарифа можно проверить в онлайн-банке.

Бесплатные лимиты переводов физлицам 
 
В большинстве тарифов есть сумма, которую вы можете каждый месяц переводить физлицам без комиссии. Когда лимит потрачен, появляется комиссия — в процентах от суммы перевода. Чем больше переводите в месяц, тем выше будет комиссия.

Лимит на платежи и лимит на переводы физлицам — это разные лимиты. Если даже вы привысили один лимит, то можете оставаться в рамках бесплатного пакета по другому.